DOM или "<someTag someProp='val'> ..."
 

Чем может "грозить" вставка нужного HTML кода в страницу посредством текстовой переменной через innerHTML, cтоит ли использовать только DOM?

ну, кроме того, что увидеть эти элементы можно будет только при просмотре кода в реальном времени — вроде ничем страшным :)

но, имхо, лучше придерживаться негласного правила: смешивать языки только в самых крайних случаях.