Работа с формами
 

как можно сделать чтобы в форме textarea отображалась форма с флажками.

А зачем в поле редактирования текста флажки?

чтоб прокручивать можно бло, а не выводить весь массив с выбором на страницу.

представте таких флажков 1000

А причем здесь textarea? У div свойство overflow: auto для прокручивания.

Вы только сами таким интерфейсом не забудьте попользоваться, чтобы выкинуть его в топку до того, как пользователи увидят это.