Вот такой вопрос :

Вообще какие this поля и методы разумно держать в Конструкторе объекта ?

Любые, если они нужны лично "экземплярам".

Вот такой вопрос :
А клонировать конструктор и связанный с ним прототип возможно ? И как ?

Клонировать deep? Функции не клонировать, объекты тяжело, т.к. нужно тип выяснять и т.д.

Полностью.
Функции вроде как раз можно:

function f(a,b,c){/*код*/};
var f2=new Function(ВыделитьАрг(f,Первый),ВыделитьАрг(f,Второй),ВыделитьАрг(f,Последний),Выделить_код_тела(f))

правда не знаю , как передавать выделенные аргументы в Function , т.е. как составить выражение
new Function(от заранее неизвестного числа аргументов) ...

Всё равно не клон будет; функции, созданные таким способом, в качестве [[scope]] имеют глобальный объект.

Можно просто создавать новую ссылку на тот же блок кода. Правда, изменение свойств будет общее.

Ну новая ссылка на тот же блок совсем не клон, хотя ..., м.б. оно не не нужно никогда вообще говоря, иметь абсолютный клон.

kefi, ну, а неправильный [[scope]] - совсем неверно.

Есть такой вопрос :
Свойства прототипа - это обычно неизменные , постоянные величины, определяемые только изначально проинициализированными значениями ?
Или в javascript широко используется их изменение во время работы программы ?

Да, используется (как и в любом динамическом языке). Так работают всякого рода плагины и т.д.