Да вспомнил-когда я делал подобное то там будет следующая проблема-если мы делаем mousedown на одном window потом переносим элемент в другое window то mouseup(click) уже не отлавливаеися и мы не можем поймать момент когда юзер отпускает элемент-drop
Выход нашли такой перекрываем фрейм какимто дивом-драг и дроп происходит в одном окне но во время операции дроп иммитируем перемещения в другое окно