callback особенности
 

var Vi = function()
{
  reader = null;
  manifest = null;
}

Vi.prototype.get = function()
{
  this.reader = new Reader();
  this.reader.getFileManifest(url, this.choise); //its callback
}

Vi.prototype.choise = function(manifest)
{
  this.manifest = manifest; //присваивает не Vi.manifest, а windows.manifest
}

var Reader = function() {};

Reader.prototype.getFileManifest = function(url, callback);
{
  var manifest = {}; //get manifest from url
  callback(manifest);
}

Как область видимости изменить на нужную?
//присваивает не Vi.manifest, а windows.manifest

higimo,

Надо добавить this в конструктор Vi, иначе объявляете глобальные переменные

var Vi = function()
{
  this.reader = null;
  this.manifest = null;
}