Проблема с анимацией сайта
 

Здравствуйте! У меня такая проблема. Постарался с помощью Java Script решить проблему плавного перехода между страницами сайта. Вроде получилось, но анимация перехода идет с рывками.
Причем только в случае этого сайта, если создать две отдельные страницы - скрипт работает как надо.
Конечно понимаю, что вряд ли можно сказать четкую причину, но мне хотя бы нужно направление - в какую сторону думать, чтобы решить проблему.
Вот адрес сайта: http://igor-comp.h16.ru

Всем откликнувшимся заранее спасибо.

Подгружайте страницу в скрытый z-index:-1000 div; после полной загрузки - display none; и div текущeй страницы c помощью fadeOut() плавно уменьшаете прозрачность и div remove(), а подгруженный div cо страницей fadeIn() и z-index:0;

Strekodza,
при смене прозрачности -браузер всякий раз между итерациями перерисовывает страницу. Поскольку скрипт и перерисовка происходят в одном потоке происходит примерно так.
хоть и задаёте паузу фиксированную между итерациями, но след. будет выполнена не раньше чем браузер перерисует -а для этого время может быть всякий раз различно.
Разнесите всё так, тем же абсолютным позиционированием(в этом случае блок "выпадает" из общего потока), чтоб изменения в одном блоке не задевали другие, не тратилось время на перерисовку того что не изменилось, ну и минимизируйте время перерисовок- уменьшением количества элементов в перерисовываемом -если необходимо .

Спасибо большое за помощь. Кстати, хотелось бы спросить, каким образом можно сделать так, чтобы на сайте (http://igor-comp.h16.ru/index.php) плавно переключалось только содержимое, а меню и "подвал сайта" оставались статичными. Сложно ли это осуществить?
P.S.
Для закрепления этих элементов я использовал php блоки

Для изменения только я использовал это:

include 'somePhpPage.php';