А этот джентльмен document.getElementById("result") каким боком ко всему этому отношение имеет?

ну он выводит через

<div id="result"></div>

(я добавила его)

Первое - нет у вас таймера, есть таймер управляющий длительностью анимации, которую вы задаете здесь - duration: 400000
За период этой длительности число от 0 возрастает до 1000.

Второе - если у вас обновляется страница (по F5 к примеру), то естественно все будет запущено заново. Этого не поправить, и если вы хотите, чтобы, к примеру, счет дошел до 0.000250 и после F5 начался с него, то предыдущее состояние (сохраненное в базе), нужно загружать в тег Р.

А вы чего хотите?