Ошибка в первой строке js файла
 

Непонятно в чем проблема, в браузере выдает ошибку "

Uncaught SyntaxError: Unexpected identifier

" и указывает на первую строку js файла, смотрю файл в первой строке "

jQuery(document).ready(function($){

" , jquery подключен, думал ошибка кроется внутри ready, закомментировал все содержание, все равно такая же ошибка, в чем может быть проблема?

Создал новый js файл, скопировал туда весь код, все работает без ошибок

Ошибка в том что ты думаешь что jQuery подключен. Хотя на момент выполнения скрипта этого ещё не произошло.
JavaScript выполняется строго по порядку.

А как быть? Скрипт подключается после jquery. И почему скопировав в другой файл проблема решилась?

Я думаю ты врешь.
попробуй привести пример на http://jsfiddle.net/
в котором воспроизводится проблема

Использование в теге <script> атрибутов asunc и defer отложат подключение скрипта.

Как я здесь приведу код, html с подключением js....
И какой мне смысл врать?)

Без кода всё равно говорить не о чем. Например, могут быть проблемы с кодировкой файла. Ошибка указывает только на то, что интерпретатор встретил какую-то неведомую ему хрень, которая не объявлялась ранее и не знает, что с ней делать.