Итак:
1) в ФФ, Сафари, Хроме под прозрачными участками флешки ничего кликаться не будет и ничего с этим не поделаешь (в ИЕ будет кликаться - такова особенность).
2) как убить флешку после проигрывания? Могу предложить такой вариант:
- при вставке флешки на страницу в теге <object> задаёшь id, например <object id="flash_111" ...
- через flashvars передаёшь эту айдишку во флешку:
<param name="flashvars" value="fl_id=flash_111">
- во флешке в последнем кадре прописываешь скрипт:
getURL('javascript:document.getElementById("' + _root.fl_id + '").parentNode.removeChild(document.getElementById("' + _root.fl_id + '"));', '_self');
Ну или можно функцию удаления элемента со страницы прописать на самой странице, а из флешки просто вызывать данную функцию.