место хранения referrer
 

Прочитал, что document.referrer хранится на стороне клиента. Т.е. за это свойство отвечает браузер.

Делаю подмену http_referer (на php) подмена получается при считываении, но document.referrer показывает другое значение.

Возможно ли через Header как то поменять это значение? Или посредством JS?

я это первым делом проверил... Получается только через фреймы можно редиректом подменить referrer?