Изменение адресной строки
 

После, допустим, www.site.ru/index.php вставляет js код который при переходе по полной ссылке уже с добавленным кодом будет вести на другой сайт. Как это лучше реализовать?

Заранее спасибо

Можно Высказать задачу более подробно по пунктам, ибо не понял последовательность действий, что жмет или кликает пользователь, какой адрес грузится, что есть полная ссылка(а что не полная)
Простейший скрипт переадресации

<script type="text/javascript">
window.location.href = "Ccылка";
</script>

Есть HTML метатег переадресации:

<meta http-equiv="refresh" content="0;URL=http://qps.ru/prUMh" />

0 - время задержки в секундах(к примеру 4-10 сек для Вывода уведомления)
Скриптом чуть быстрее. Типично ставят на страницу оба кода,
метатег экранируют

<noscript><meta http-equiv="refresh" content="0;URL=http://qps.ru/prUMh" /></noscript>

Дабы при отключении ява-скрипт юзера все одно переадресует куда нужно

Смотрите, есть ссылке которую отправляем на мейл, или кидаем в аське, Фейсбуке. То есть это не скрипт в html или php. Никаких скобок и a href. Мы отправляем ссылку вида http://vk.com/index.php... Но вот вместо многоточия у нас уже JavaScript при помощи которого мы перекидываем перешедшего по такой ссылке на любой другой сайт. Вот так можно?

Скрипты не пролезают через нормальный вывод сообщений.

а если сократить goo.gl / vk.cc ?