У меня в основном потоке еще и таймеры setTimeout работают для создания интервала звучания музыки и setInterval, участвующий в плавном затухании музыки...

Не ты первый страдаешь, вот готовая библиотечка, подменяющая обычные таймеры воркеровскими. https://github.com/turuslan/HackTimer

Aetae,
Спасибо за ссылку попробую поэкспериментировать в этом направлении.

Всем спасибо за ответы. Кастомный setTimeout, работающй в Worker-е действительно решили проблему с остановкой приложения(особая благодарность Aetae за эту подсказку). Но есть здесь и небольшая неприятность - анимация стала менее плавной. Может кто знает что здесь можно сделать, чтоб анимация была такой же плавной как и при обновлении через requestAnimationFrame?