Значит неудачный инструмент для этого был выбран (их готовых не один, не сложно найти в сети), или делалось все неверно, а значит и в этом случае "крайность" в виде окна не решение проблемы с подсветкой, а борьба со следствием.

.htaccess закрывает прямой доступ пользователей к папкам, в то же время доступ скриптов к ним не запрещается, а следовательно нужен include "filename" из закрытой папки, а никак не Ajax.

Оглавление любого учебника - это и есть самое полное представление о будущей структуре данных: как они будут храниться в случае файлов и их именования, или как они будут храниться в базе и их иерархия.

Crayon-Syntax-highlighter не считаю неудачным инструментом. Неудачная потребность. Но никак не инструмент.

Доступ к скриптам вопрос взаимодействия php и javascript. (здесь я учитываю то, что я пытаюсь сделать)

Я понял о какой структуре речь. Она слишком простая. Но словами описывать не умею. Чем сильнее буду стараться, тем хуже опишу.

Про ajax я вообще ничего не писал. Это был всего-лишь один из предложенных мне вариантов. Я использовал только файлы+php+javascript. Изначально об ajax речи вообще не шло и потом тоже упора не него не было.

Это я всего-лишь пояснил то, что считаю неправильно растрактованным. Это риторическое сообщение.