window.onload
 

Вопросы скорее очевидные, но что-то я на них завис. И не уверен что правильно сформулирую.

1. Пишу, допустим, функцию для какого-то события по нажатию кнопки мыши. Без window.onload = функция не работает.

А если мне нужно несколько функций использовать, их все нужно определять как-то так? Иначе они не видны для системы?

window.onload = function() {
     if(window.f) f();
     if(window.y) y();
}

Как универсально заставить систему использовать всё содержимое файла js если оно требуется?

В jquery используется обмотка вида (function($){...})(jQuery);

Значит и в js как-то можно не писать window.onload для каждой функции.

2. Какие вообще есть варианты для загрузки кода? Там до body, после body и тд. В чем разница записи и как делать правильно?

Правильно делать так, чтобы работало и вы могли через полгода быстро понять как у вас там всё работает.
Обычно скрипты, которые не требуют наличия DOM-дерева пишут внутри head (например jQuery). А те скрипты которые требуют DOM-дерева пишут перед </body>.

bubanay, DOMContentLoaded лучше использовать.

function DOMReady(callback) {
     window.addEventListener('DOMContentLoaded', callback);
};

DOMReady(function() {

});

DOMReady(function() {

});

DOMReady(function() {

});

DOMReady(function() {

});

DOMReady(function() {

});