Определение прототипа через объект
 

Обычно прототипы определяют так:
1.

function Person() {}
Person.prototype.name = "аноним";
Person.prototype.age = 18;

А если определить прототип так:
2.

function Person() {}
Person.prototype = {
  name : "аноним",
  age : 18
};

Эти фрагменты эквивалентны или нет?

Да, но возможно это скажется на производительности.

в изначальном prototype могут быть всякие полезности. например свойство constructor по которому можно пройтись по цепочке прототипов.
во втором случае его не будет.

можно явно указать его. Но вообще, конструкторами пользуются только идиоты(коих большинство, к сожалению). А по цепочкам прототипов ты и без этого говна можешь пройтись, есть __proto__

callbackhell,
Я вот тоже так думал, но:
1.

function Person() {}
var p1 = new Person();
Person.prototype.name = "Nicholas";
Person.prototype.age = 29;

var p2 = new Person();

alert ( Person.prototype.isPrototypeOf(p1) ) ;
alert ( Person.prototype.isPrototypeOf(p2) ) ;
	
alert ( p1 instanceof Person ) ;
alert ( p2 instanceof Person ) ;
	
alert ( p1.constructor ) ;
alert ( p2.constructor ) ;

2.

function Person() {}
var p1 = new Person();
Person.prototype = {
	name : "Nicholas",
	age : 29
};

var p2 = new Person();

alert ( Person.prototype.isPrototypeOf(p1) ) ;
alert ( Person.prototype.isPrototypeOf(p2) ) ;
	
alert ( p1 instanceof Person ) ;
alert ( p2 instanceof Person ) ;
	
alert ( p1.constructor ) ;
alert ( p2.constructor ) ;

дают разные результаты. В чём подвох - не пойму :(

Да, это все не будет работать, но оно не нужно в реальном коде, забейте. Эти ссылки скрыты и они создаются нейтивом:)

А можно уточнить, чем так плохи конструкторы и чем пользуется "меньшинство" :) ?

Возможно мои размышления наивны (я только начал изучение ДжС), но при нарушении цепочки прототипов, я не смогу полноценно реализовать наследование. поправьте, если я неправ

Вы к примеру, можете сделать вот так

MySuperClass = {type: "MySuperClass"}
MyClass = Object.create(MySuperClass); MyClass.type = "MyClass"
o1 = Object.create(MySuperClass)
o2 = Object.create(MyClass)

alert([o1.type, o2.type])

Это замена instanseOf. Когда вы освоитесь в прототипном программировании, вы удивитесь, насколько гибкие решения оно дает в плане ООП. А используя нативные конструкторы, а тем более es6-классы, вы опускаете язык до уровня какой-нибудь java. Конструкторы имеет смысл пользовать только для производительности.

Нет никакого нарушения цепочек. Вы сами же эти цепочки и реализуете, в этом и заключается Ваша реализация наследования.