Ну это далеко от телефонного справочника. Если первично, это телефон, значит он должен быть первичным ключом. Что нужно делать при добавлении телефона в справочник - нужно обязательно проверять есть ли уже в нем введенный пользователем номер, и если есть, то ошибка. Тоже самое при редактировании добавленного номера нужно проверять. А чтобы проверять, то проще это сделать по первичному ключу.

var phones = {
    "номер телефона" : {"имя владельца", "фамилия владельца",  "что-то еще нужное"}   
}

Хотя такие данные хранят на сервере в базе и там не важно какое это будет поле, главное чтобы индекс был.