angelzzz, вы, вероятно, обращаетесь аяксом к файлу getdata.php?
Если так, то

var points = JSON.parse(response);

Если я убираю всю конструкцию foreach,

и делаю просто echo json_encode($response);
то возможно нет смысла в этих строках:

$response = json_decode($result, true);
$id = $response[0]['Id'];

вот в этой части?

$result = curl_exec($ch);

$response = json_decode($result, true);
$id = $response[0]['Id'];

echo json_encode($response);

и можно просто echo $result

Только и тот и другой код выводит

{"Id":1122,"Latitude":55.682675,"LocationType":1," Longitude":37.897516,"Opening":false,"OutDescripti on":"\u041f\u0443\u043d\u043a\u0442 \u0432\u044b\u0434\u0430\u0447\u0438 \u0437\u0430\u043a\u0430\u0437\u043e\u0432 \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u 044f \u0432 \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u 0435 \u041b\u041f\u0422\u0423\u0421. \u041f\u0435\u0448\u043a\u043e\u043c: \u0436\/\u0434 \u0441\u0442. \u041b\u044e\u0431\u0435\u0440\u0446\u044b-1, \u0421\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u0430\u044f \u0441\u0442\u043e\u0440\u043e\u043d\u0430. \u041f\u0440\u043e\u0439\u0442\u0438 \u043a \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0435\u043c\u0443 \u0441\u0435\u0440\u043e-\u0433\u043e\u043b\u0443\u0431\u043e\u043c\u0443 2-\u044d\u0442\u0430\u0436\u043d\u043e\u043c\u0443 \u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u044e \u0441 \u0432\u044b\u0432\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u042d\u043a\u0441\u043f\u0440\u0435\u0441\u0441-\u0421\u0432\u044f\u0437\u044c. \u041d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u 044f \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u0430\u0432\u0442\u043e\u0441\u0442\u0430\u043d\u 0446\u0438\u0435\u0439 \u0438 \u0441\u0442\u0440\u043e\u0438\u0442\u0435\u043b\u 044c\u043d\u044b\u043c

Ну да, можно отправить клиенту $result и распарсить его JS'ом уже в браузере.

angelzzz,
json_encode($response, JSON_UNESCAPED_UNICODE)
и национальные символы не будут преобразовываться в юникод, что сократит объем передаваемых данных.

Мы конечно сейчас оптимизировали код пхп, но собственно вопрос был в другом - я хочу вставить данные из пхп файл в файле, где выполняется яндекс карта и там устанавливаются точки на этой карте

На клиенте уже нет файлов, есть объект points

var points = JSON.parse(response)

получайте его свойства

points[0].Latitude и т.д.

я работаю в цмс MODx, из нее я вызываю php файл, и как мне вызвать эти данные не в php файле, а в другом, где собственно выполняется js с картой?

Давайте попробую заново сформулировать вопрос:

есть АПИ сторонний, откуда я получаю в ответ

Array
(
    [0] => Array
        (
            [Id] => 1122
            [Latitude] => 55.682675
            [LocationType] => 1
            [Longitude] => 37.897516
            [Opening] => 
            [OwnerId] => 923
        )

    [1] => Array
        (
            [Id] => 1136
            [Latitude] => 55.682661
            [LocationType] => 1
            [Longitude] => 37.886621
            [Opening] => 
            [OwnerId] => 923
        )

    [2] => Array

и таких массивов около 1500 тысяч, количество полей урезал для удобства, их там более 30

С помощью php файла getdata.php я делаю запрос в этот АПИ

echo $result

Теперь мне в файле index.html нужно получить значения Latitude и Longitude в переменной points в таком виде [55.831903,37.411961]

points = [
            [55.831903,37.411961], [55.763338,37.565466], [55.763338,37.565466], [55.744522,37.616378], [55.780898,37.642889], [55.793559,37.435983], [55.800584,37.675638], [55.716733,37.589988], [55.775724,37.560840], [55.822144,37.433781], [55.874170,37.669838], [55.716770,37.482338], [55.780850,37.750210], [55.810906,37.654142], [55.865386,37.713329], [55.847121,37.525797], [55.778655,37.710743], [55.623415,37.717934], [55.863193,37.737000], [55.866770,37.760113], [55.698261,37.730838], [55.633800,37.564769], [55.639996,37.539400], [55.690230,37.405853], [55.775970,37.512900], [55.775777,37.442180], [55.811814,37.440448], [55.751841,37.404853], [55.627303,37.728976], [55.816515,37.597163], [55.664352,37.689397], [55.679195,37.600961], [55.673873,37.658425], [55.681006,37.605126], [55.876327,37.431744], [55.843363,37.778445], [55.875445,37.549348], [55.662903,37.702087], [55.746099,37.434113], [55.838660,37.712326], [55.774838,37.415725], [55.871539,37.630223], [55.657037,37.571271], [55.691046,37.711026], [55.803972,37.659610], [55.616448,37.452759], [55.781329,37.442781], [55.844708,37.748870], [55.723123,37.406067], [55.858585,37.484980]
        ],

ymaps.ready(function () {
    var myMap = new ymaps.Map('map', {
            center: [55.751574, 37.573856],
            zoom: 9,
            behaviors: ['default', 'scrollZoom']
        }, {
            searchControlProvider: 'yandex#search'
        }),
        /**
         * Создадим кластеризатор, вызвав функцию-конструктор.
         * Список всех опций доступен в документации.
         * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/Clusterer.xml#constructor-summary[/url]
         */
            clusterer = new ymaps.Clusterer({
            /**
             * Через кластеризатор можно указать только стили кластеров,
             * стили для меток нужно назначать каждой метке отдельно.
             * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/option.presetStorage.xml[/url]
             */
            preset: 'islands#invertedVioletClusterIcons',
            /**
             * Ставим true, если хотим кластеризовать только точки с одинаковыми координатами.
             */
            groupByCoordinates: false,
            /**
             * Опции кластеров указываем в кластеризаторе с префиксом "cluster".
             * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/ClusterPlacemark.xml[/url]
             */
            clusterDisableClickZoom: true,
            clusterHideIconOnBalloonOpen: false,
            geoObjectHideIconOnBalloonOpen: false
        }),
        /**
         * Функция возвращает объект, содержащий данные метки.
         * Поле данных clusterCaption будет отображено в списке геообъектов в балуне кластера.
         * Поле balloonContentBody - источник данных для контента балуна.
         * Оба поля поддерживают HTML-разметку.
         * Список полей данных, которые используют стандартные макеты содержимого иконки метки
         * и балуна геообъектов, можно посмотреть в документации.
         * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/GeoObject.xml[/url]
         */
            getPointData = function (index) {
            return {
                balloonContentBody: 'балун <strong>метки ' + index + '</strong>',
                clusterCaption: 'метка <strong>' + index + '</strong>'
            };
        },
        /**
         * Функция возвращает объект, содержащий опции метки.
         * Все опции, которые поддерживают геообъекты, можно посмотреть в документации.
         * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/GeoObject.xml[/url]
         */
            getPointOptions = function () {
            return {
                preset: 'islands#violetIcon'
            };
        },
        points = [
            [55.831903,37.411961], [55.763338,37.565466], [55.763338,37.565466], [55.744522,37.616378], [55.780898,37.642889], [55.793559,37.435983], [55.800584,37.675638], [55.716733,37.589988], [55.775724,37.560840], [55.822144,37.433781], [55.874170,37.669838], [55.716770,37.482338], [55.780850,37.750210], [55.810906,37.654142], [55.865386,37.713329], [55.847121,37.525797], [55.778655,37.710743], [55.623415,37.717934], [55.863193,37.737000], [55.866770,37.760113], [55.698261,37.730838], [55.633800,37.564769], [55.639996,37.539400], [55.690230,37.405853], [55.775970,37.512900], [55.775777,37.442180], [55.811814,37.440448], [55.751841,37.404853], [55.627303,37.728976], [55.816515,37.597163], [55.664352,37.689397], [55.679195,37.600961], [55.673873,37.658425], [55.681006,37.605126], [55.876327,37.431744], [55.843363,37.778445], [55.875445,37.549348], [55.662903,37.702087], [55.746099,37.434113], [55.838660,37.712326], [55.774838,37.415725], [55.871539,37.630223], [55.657037,37.571271], [55.691046,37.711026], [55.803972,37.659610], [55.616448,37.452759], [55.781329,37.442781], [55.844708,37.748870], [55.723123,37.406067], [55.858585,37.484980]
        ],
        geoObjects = [];

    /**
     * Данные передаются вторым параметром в конструктор метки, опции - третьим.
     * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/Placemark.xml#constructor-summary[/url]
     */
    for(var i = 0, len = points.length; i < len; i++) {
        geoObjects[i] = new ymaps.Placemark(points[i], getPointData(i), getPointOptions());
    }

    /**
     * Можно менять опции кластеризатора после создания.
     */
    clusterer.options.set({
        gridSize: 80,
        clusterDisableClickZoom: true
    });

    /**
     * В кластеризатор можно добавить javascript-массив меток (не геоколлекцию) или одну метку.
     * @see [url]https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/Clusterer.xml#add[/url]
     */
    clusterer.add(geoObjects);
    myMap.geoObjects.add(clusterer);

    /**
     * Спозиционируем карту так, чтобы на ней были видны все объекты.
     */

    myMap.setBounds(clusterer.getBounds(), {
        checkZoomRange: true
    });
});

Как это сделать?

Если из полученного массива на клиент нужно передать только координаты, то тогда формируйте массив, а затем отдавайте го как JSON. Но естественно не таким образом как у вас в коде. Можно так:

echo json_encode(array_map(function($v) {
    return [$v['Latitude'], $v['Longitude']];
}, $result));

если $result, это есть исходный массив.

Если же на клиенте требуется все, то можно уже на клиенте из полученного объекта сформировать массив координат.

PS, если представленный код выводиться в индексном файле и в строку 58 и нужно вставить эти координаты, то можно так:

points = <?=json_encode(array_map(function($v) {
    return [$v['Latitude'], $v['Longitude']];
}, $result))?>

php выполняется в одном файле getdata.php, а js и html находятся в другом index.html.