Смысл?

Допустим мы хотим разбить текст на параграфы не заморачиваясь при этом визуальным редактором. Для этого просто условимся, что если в тексте подряд идут два перевода строки, то этот текст будет параграфом.

Он как текст и находится в базе без всякого html содержимого. При выводе его на страницу этот текст сначала пропускаем через htmlspecialchars() дабы исключить XSS атаки на клиенте, а затем разбиваем его на параграфы, то есть так:

echo '<p>'.implode('</p><p>', preg_split('/[\r\n]{2}|\n{2}/', htmlspecialchars($string), null, PREG_SPLIT_NO_EMPTY)).'</p>';

А вы чего пытаетесь, в местах перевода строки вставить пустой параграф?