У вас usr это массив значений типа number в данный момент. Javascript язык с динамической слабой типизаций.
Ваш вопрос же, больше касается темы Javascript нежели Node JS.
https://developer.mozilla.org/ru/doc..._Objects/Array
const usr = [273597295, 458848322, 12, 8883, 79, 00];
const soughtValue = 458848322;
const indexUserId = usr.indexOf(soughtValue); // -1 - not found, >= 0 - found, also 458848322 !== "458848322", so u won't find "458848322" there, because indexOf use strict equality operator
if (indexUser !== -1) console.log(indexUserId);
else console.error(`${soughtValue} Not found`);