Prototype между свойствами объекта
 

Скажите пожалуйста, а как то подобным образом сделать можно?

let init = {
	data: function() {
		let one = 1;
		let two = 2;
	},
	method: data.prototype.function() {
		alert(one + two);
	}
}

не совсем понятно что вы хотите, это?

let init = {
	data:{
		one: 1,
		two: 2
	},
	method(){
		alert(this.data.one + this.data.two);
	}
};

j0hnik,
Спасибо. Я немного запутался, сделал плагин не использовав там прототипов. А в большинстве их активно используют для экономии памяти. Но если я все могу разместить в одном объекте то смысла наверно использовать их нет .. И помимо они станут еще публичными методами.

Nlk,
если объект один и в нем нет вложенных однотипных объектов, то смысла нет, в противном случае вам нужно почитать про конструкторы/классы

j0hnik,
Спасибо большое, я понял.