Как она может создаваться каждый раз своя для каждой итерации, если она по совместительности еще и счетчик цикла? Если бы она каждый раз создавалась своя, то при каждой новой итерации она бы обнулялась и цикл никогда бы не закончился.

jsdump, а вот так, алле гоп *делает сальтуху*.
Тебе выше уже сказали: javascript - высокоуровневый язык, в нём всё делается для удобства программиста, а не компилятора. Тебя не должно волновать что за магию используют движки для оптимизации всех этих наворотов и генерации машинного кода, ты просто должен их использовать.
Можешь считать что никакого цикла на самом деле нет, а есть просто {button.length} блоков написанных подряд и исходить из этого в поведении var и let.