На РНР это будет:

$diff = array_diff($arrS, $arrF);
$diff = array_merge($diff, array_fill(0, count($arrS) - count($diff), 0));

Вот только вопрос - зачем? Если бы данные существовали ради спортивного интереса, тогда ладно, но они что-то описывают, определяют, ..., где-то они и хранятся. А лучшее место для хранения, это база, а если так, то не нулями дополнять надо, а определять полям SQL таблицы значение 0 по умолчанию.

Вообще эта тема очень похожа на то, что тут что-то делается не так, либо что-то лишнее.

Теперь работает, только у вас ошибка в цикле, там где условие $k нужно, а не $j.
Конечно это будет хранится в базе просто я упростила, всё. Я уже искала информацию, задавала вопросы на некоторых ресурсах, ответа я так и не получила, никто не понял, чего я хочу. Видимо неправильно объясняла, поэтому пришлось упростить.

Так к чему эти циклы, нули ...? Если вы отсекаете "лишнее", дополняя нулями, значит у вас непорядок в базе - определите значение 0 по умолчанию, а все что нужно для записи это $diff = array_diff($arrS, $arrF);

И это единственное, что нужно сделать. Вы же делаете лишнюю бесполезную работу, которую можно заменить одной строкой стандартной функции языка.