if (correct_answer[i] == user_answer[i]) score++; - увеличивать наоборот, при несовпадении
if (!score) ... верный
else if(score==1) ... частично
else ... труба дело
и вынесите за условия document.getElementById("otvet1").classList ... и остальные, обрабатывая их один раз по условию (toggle)
PS. А еще лучше, это имена классов с добавлением результата по маске 3, это будет одна строка в коде. И сам результат вместо if записать короче:
document.getElementById("itog1").textContent = !score ? 'верно' : score==1 ? 'частично' : 'плохо';
В итоге все это заменится двумя строками кода.