Если в проекте стайлгайд отличается от собственных предпочтений, то да — переучиваться.
Ну или настроить какой-нибудь автоформаттер, запуская его перед коммитами.

Какой использовать Indent style - личное дело каждого, если это не регламентировано. Если брать императивную парадигму, то лично мне больше импонирутK&R style.их расставляют многие IDE (к примеру VS) и JSLinter's

Ну я бы так не сказал. Касаемо пробелов в скобках уже сказали:
Это же касается и пробелов вокруг запятой и прочих символах.
Есть правила, к которым все привыкли и я не вижу смысла придумывать что-то новое.

в письменной (речи (не (употребляются (вложенные (скобки))))

var someVariable  = "someValue",
    someVariable2 = "someValue",
    someVariable3 = "someValue";

или

var someVariable  = "someValue"
  , someVariable2 = "someValue"
  , someVariable3 = "someValue";

И еще

if (a) b(); // Но:
if(!a) {
    a = 5;
}

Как считаете, это неправильно?

в принципе можно операторы в начало строки выносить, &&, || в этом случае легче найти, запятые... сложнее забыть указать. По поводу фигурных скобок - их лучше всегда указывать, так проще добавлять отладочные операторы. Отличие в пробелах, непонятно зачем, лучше придерживаться более распространенного варианта. Разве что можно ! отделять пробелами:

if ( ! a) {...}