точнее это просто разные вещи: сайт - это в первую очередь документ, а веб-приложение - это... хм, приложение. Просто разделение не такое четкое, в частности потому что сайты стремятся приблизить к приложениям, и второй компромис заключается в том, чтобы при этом оставить сайт документом.