Есть идея, что делать с номерами строк.
Смысл такой: аналогично драг-н-дропу детектим, что посетитель выбирает строчки мышью. Как только задетектили (нажата кнопка и мышь передвинута) - убираем номера строк. Когда юзер окончил копирование (отпущена кнопка) - через 3с возвращаем номера строк обратно.

P.S. При этом с номерами строк уже скопировать будет совсем нельзя, но оно вообще надо?

Лучше переверстать.

Пропатченный вариант хайлайтера - если сделаете поставлю.
Должно быть
а) выделение и копирование без номеров строк
б) корректно переноситься строки кода, без лишних номеров слева, возможно с обозначением переноса строки в конце/начале.

По идее, это возможно.

С удовольствием, но на это нужно время:)

Ок, я подожду, пишите в личку ;)

Опиши необходимый функционал. Вопрос с UI я представляю... Никаких настроек не требуется...
И ещё... я так понимаю, это нужно сделать поверх плагина?

Верхний пост прочитал. Это всё, что требуется?

В общем - да, это все.. Плагин можно пропатчить, но потом.

В качестве первого, важнейшего этапа я бы предложил даже не патченный плагин, а готовую верстку, удовлетворяющую условиям по враппингу строк и невыделению номеров.

P.S. Вариант с LI копирует номера в Firefox.

Мой вариант вёрстки: http://www.js-core.ru/public/line-numbers/