vl2013,
если в том скрипте только один вызов document.write, то проще всего так: на том месте html, где ранее подключался скрипт, ставишь <div id="id_outer_banner1"></div>
document.write переопределяешь так:
document.write = function(text) {
document.getElementById('id_outer_banner1').innerHTML = text;
};
и весь баннер разместится в диве.
если вызовов document.write несколько, то придется накапливать строку в переменной, потом вставлять ее в див.
для других баннеров надо думать, как обобщить.