[Kolyaj]

и тут выяснилось, что мы про большие проекты говорим...

Ну а чего про маленькие говорить? Там хоть как пиши, разница несущественна.

а как ты, кстати, определяешь координаты элемента?

getBoundingClientRect. А есть другие способы?

а можно подробнее? О каких проблемах речь и как правильно спроектировать приложение?

Везде много пишут про MVC, разделение логики и представления, а сами не гнушаются данные хранить в представлении (в стилях). При том, что это крайне ненадёжное хранилище.

не забываем, что в сжатом виде оно занимает 30КБ

А где для тебя проходит граница "ну не, столько мы подключать не будем"?

И концепция не неудобная, а непривычная для тебя

Она чужда языку. Вот если бы в JS была концепция "всё массивы", тогда была бы гармония.
$('a').width() возвращала бы массив длин всех ссылок.
2 * $('a').width() + 2 * $('a').height() -- массив периметров всех ссылок.
А так пришлось вводить идеологический хак: .width() возвращает ширину первого элемента в коллекции.

Ну и, пожалуй, половина объёма библиотеки -- жертва этой концепции.

p.p.s. http://en.wikipedia.org/wiki/Not_Invented_Here

Если бы Resig обращал внимание на подобное, jQuery бы не было.