[Matre]

Разные браузеры по-разному хранят значения.
Например, Вы ставите #FFFFFF, а ставится #ffffff — в другом регистре.

Используйте переменную-флаг вместо проверки состояния.

function flashText(id, c1, c2) {
	var elem = document.getElementById(id);
	elem.tg = true;
	setInterval(function () {
		elem.style.color = (elem.tg = !elem.tg) ? c1 : c2;
	}, 1000);
}

flashText("page5", "#FFFFFF", "#0000FF");