[Kolyaj]

во-первых, плохо видны границы веток (сделали хотя бы выравнивание по правой стороне, как это обычно принято в деревьях);

Непонятно.

во-вторых, мне не нужна такая вложенность, один уровень вложенности - это самое оно, ну может быть два - но для этого удобнее отдельные окна

Мне вложенность тоже не нужна, мне нужна возможность спрятать.

в-третьих при закрытии вкладок начинают всякие ветки соседние разворачиваться, что тоже мешает

Там есть настройка, что делать с дочерними вкладками, если корневая закрывается. У меня вся ветка закрывается.