Лучше всего это реализовать через <a href="faq.php?script=script1">... и <a href="index.php?script=script2">...
А в скриптах что-то вроде
echo <<<HTML_END
<script type="text/javascript">${_REQUEST['script']}();</script>
HTML_END;
Идея с новым окном годится разве только для внутрикорпоративных сайтов, по причине того, что любой уважающий себя браузер по умолчанию их блокирует. Но, если ее рассматривать, то, наверное, надо, как минимум дождаться загрузки контента в открываемом окне, прежде чем что-то там выполнять.