with-love-from-siberia
Спасибо за ваш интерес.
К сожалению вы не совсем верно поняли работу cloneObject метода.
Он не совершает как токовое клонирование.
Просто связывает объекты через механизм prototype-chaining.
Поэтому если в клоне нет одноименного метода\проперти, оно тянется из объекта выше по цепочке. Соответственно ваши ожидания не оправдываются.
В документации это описано:
http://code.google.com/p/joot/wiki/API