курсор обычно цвета текста, хотел предложить попробовать сделать цвет шрифта transparent, но в IE9 глянул, курсор все равно черный.
Ну, можно например сделать размер шрифта 0px
и курсора не видно, только что проверил, Только надо физические размеры задать инпута, а то он под размер шрифта обычно подстраивается. Хотя все равно то же самое, надо запомнинать где и чего менялось