php генерирует html
Если вывод php не содержит переносов, то нет никакой проблемы в том, чтобы сделать так:
a='<?php echo $link1 ?>'
Если переводы строки есть то правильно править php сторону, а не извращаться с js.
Но если очень хочется, то можно вывести результат в скрытый конетйнер, а оттуда зафигачить куда надо.
<div id="old_text" style="display:none">
Я: <a href="http://ya.ru">ya</a>
Он: <a href="http://on.ru">on</a>
</div>
<a href="#" onclick="div.innerHTML=link[1]">a</a> | <a href="#" onclick="div.innerHTML=link[2]">b</a>
<div id="text"></div>
<script>
div=document.getElementById('text');
link=document.getElementById('old_text').innerHTML.split('\n');
</script>