я тоже использую lightbox на своем сайте
http://fuzaylov.net можете скачать оттуда. И есть свой вариант
http://fuzaylov.net/effect/. На счет первого варианта не уверен, что перекроет флэш анимацию. Но вот второй вариант сделает это. Можете потестить.