<html>
<head>
</head>
<body>
<script Language="JavaScript">
var links = new Array('<script language="JavaScript" type="text/javascript" src="........"></sc'+'ript>','<script language="JavaScript" type="text/javascript" src="........."></s'+'cript>');
var los = Math.floor(Math.random() * links.length)
document.write (links[los]);
</script>
</body>
</html>
За кавычками следите, и все будет нормально отображаться.
Включите firebug.