[Aetae]

Осановить исполнение js нельзя.

В свой confirm надо добавлять функцию котороя будет исполняться в случае положительного ответа.

Условно так:

<input type="button" value="confirm" onclick="myConfirm('сообщение ', alert)"><script>
function myConfirm(msg, func){
  var div=document.createElement('div');
  div.style.cssText="text-align:center;padding:10px;position:fixed;width:200px;height:40px;bottom:50%;right:50%;margin-right:-100px;margin-bottom:-20px;border:1px dotted #000"
  div.onclick=function(e){
    var t=e?e.target:window.event.srcElement;
    if(t.tagName=='INPUT'){
      t.value=='Да'&&func('да');
      this.parentNode.removeChild(this)
    }
  }
  div.innerHTML='<div>'+msg+'<div><input type="button" value="Да"><input type="button" value="Нет">'
  return document.body.appendChild(div);
}
</script>