я организую так: все файлы группируются по модулям, а модули по пакетам. специальный сборщик при запросе страницы, сканирует директорию и составляет для каждого пакета:
index.js, который по очереди подключает все скрипты из пакета
compiled.js, который содержит все скрипты одним файлом
index.css, со ссылками на страницы стилей
page_*.css, cо ссылками на сами файлы стилей
compiled.css - все стили одним файлом
при разработке соответственно подключаются индексы, а на продакшен идут скомпилленые версии