1) I.E. В Windows mobile не поддерживает JS
Опера мини частично, но отрабатывает его на стороне сервера оперы, вот opera mobile уже тянет js по полной вместе с safari.
2) Правильнее сделать отдельный стиль для PDA версии сайта, а у этих версий есть свои каноны и шаблоны дизайнов привычные которых Вы бы могли придерживаться. (о верстке для мобильных устройств написано множество статей, стоит лишь только поискать).
3) На валидность кода
, ну и например если не будет объявления doctype то вы не сможете узнать размеры клиентской области браузера в i.e. и т.д.