Эммм ну в IEMobile 6.0 не в курсе. Знаю что в том который в Windows mobile 5.0 и ранее JS не работает чуть более чем полностью, а судя по тому что у автора вообще 4.0, то можно и забыть о всякого рода JS скриптах.
P.S. В связи с интересом к вопросу написал даже простенький скрипт аля document.write("Hello world !!!"); и опробовал в IE mobile под WMB 5.0, код не отработал