есть еще вариант запускать скрипт в невидимом div'е и из полученного результата вытаскивать ссылку и потом создавать iframe - чтобы не создавать iframe непонятно куда указывающий или временно указывающий не туда
а по поводу вопроса - что именно не понятно?
как запустить скрипт -
<script language="JavaScript" src="http://domain.net/links/name.js"></script>
как получить доступ к ссылке -
node.getElementsByTagName('a')[0]
или что?