[ваый]

Ну естественно, не работает. Потому что когда скрипт выполняется, документ еще не загрузился. Два варианта.

1. Переместить js скрипт после <div id="region">...</div> (и заменить все $ в скрипте на jQuery).

2. Либо оставить там, где он сейчас, но обернуть, как показано ниже:

jQuery(document).ready(function($) {
    $('#region a').hover(function() {
        $('#' + $(this).attr('rel')).addClass('active');
    },
    function() {
        $('#' + $(this).attr('rel')).removeClass('active');
    });
});