Можно все. Как раз вчера я тоже этим озаботился, надоело вручную все ужимать. Написал простенький shell скрипт:
https://github.com/dfsq/compressJS.sh
Правда там надо указывать список файлов в нужном порядке, которые ты хочешь добавить в результирующий файл.