[Триви]

А зачем тут циклы? Про рекурсию слышал?
Что то типо того:

<style>
#magaa {
  width: 100%;
  height: 100%;
  background: #00f;
}
</style>

<div id="magaa"></div>

<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(function anim(act) {
  if(act==0) {
    $("#magaa").fadeOut(3000,function(){anim(1);});
  } else {
    $("#magaa").fadeIn(3000,function(){anim(0);});
  }
});
</script>