А зачем тут циклы? Про рекурсию слышал?
Что то типо того:
<style>
#magaa {
width: 100%;
height: 100%;
background: #00f;
}
</style>
<div id="magaa"></div>
<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(function anim(act) {
if(act==0) {
$("#magaa").fadeOut(3000,function(){anim(1);});
} else {
$("#magaa").fadeIn(3000,function(){anim(0);});
}
});
</script>