Можно сделать так, чтобы в результате выдавался алерт не на каждое совпадение, а один, в котором и шли перечисления?
var doc=document;
doc.body.onclick=function(){
var arr=doc.a.b.value.split(" ");
for(var i=0; i<arr.length; i++) {
if(doc.a.a.value.indexOf(arr[i])+1==0){
alert(arr[i]);
}
}
}