точку выше квадрата показал
надо рисовать на paper
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
<title>demo</title>
<script type='text/javascript' src='https://raw.github.com/DmitryBaranovskiy/raphael/master/raphael.js'></script>
<script>
window.onload=function(){
var paper = Raphael(0, 0, 150, 150);
var box = paper.path('M 10 10 L 100 10 L 100 100 L 10 100 Z');
box.attr("fill", "#f00");
paper.path('M20 20 L20 21');
}
</script>
</body>
</html>