При методе html() скрипты тоже вырезаются, но правда jQuery их пытается исполнять. Но то, как оно это делает - оставляет желать лучшего. По этому я писал свою очередь исполнения для скриптов которые приходят через AJAX.
В принципе загружать вот так вот скрипты с сервера вообще не стоит, но всё же.
А с методом load конечно будут проблемы, он ведь вставляет полученных код во фрейм. И если там скрипты и загружаются, то скорее всего как раз туда
