[kuzkuz]

ваш элемент.style.visibility = 'visible';

То есть должно быть так?

var value = prompt('вопрос?', '');

  if ( value == 'ответ' ) {

    var pass = prompt('Вопрос2', '');

    if ( pass == 'ответ 2' ) {
     d.style.visibility = 'visible';
    } else {
      alert('ответ неверен');
    }

  } else if ( value === null ) {   
    alert('Вход отменен');

  } else {

    alert('не верны ответ);

  }