[Gvozd]

kukuruzic,
Кавычки надо экранировать. Это самые основы языка
Вот так ваш первый пример работает:

var WshShell, ObjExec; 
 WshShell =WScript.CreateObject("WScript.Shell"); 
 ObjExec =WshShell.run("%COMSPEC% /k find \"123\" 123.txt"); 
 WScript.Sleep(1000);